一、准备阶段
申请保密资格是一项涉及企事业单位长远发展的战略性决策，一个单位如果决定要申请保密资格，就是要把单位的发展与国家安全和利益紧密挂钩。
单位在递交申请之前需要做好的准备工作有：
1、设置保密工作立标服务机构，保密工作管理机构，确定涉密部门及涉密人员;
2、做好归口管理，坚持“业务工作谁主管，保密工作谁负责”的原则，将保密管理融入业务，避免保密管理和业务工作“两张皮”;
3、建立起完整的制度体系：包括各项保密基本制度、业务规章制度和专项保密制度。
4、做好条件保障的准备，落实好保密要害部门部位的人防、物防和技防措施。人防是指依靠人的保密意识，觉悟和能力建立起来的保密防护，如：采取武警或保安24小时值班、巡逻;安防监控室配备值班人员;物防是指要加大资源投入，为保密工作提供强有力的物质保障如：安装防盗门、防盗窗、配备保密柜、手机屏蔽柜等;技防是指采用现代科学技术对涉密信息进行保护，防止涉密信息泄露或被窃取如：安装门禁系统、防盗报警装置、视频监控系统、身份识别系统等。
通过一段时间的体系运行(通常3-6个月)，申请保密资格的单位便可向行政主管部门提交申请。
二、申请阶段
按照《武器装备科研生产单位保密资格认定办法》规定，申请保密资格的单位，应当提供以下材料：
(一)武器装备科研生产单位保密资格申请书;
(二)工商营业执照或者事业单位法人证书正本(复印件);
(三)在登记机关备案的章程;
(四)上一年度财务审计报告(上市公司最近一次的年度报告)(部分地区已不需要提供此项);
(五)科研生产场所产权证书或者租赁合同(复印件);
(六)军队资格审查申请受理点、军工集团公司、项目总承包单位或者法律法规规定的有关部门出具的保密资格认定等级建议表;
(七)国家保密行政管理部门要求提供的其他材料。
申请一级保密资格，应向设置在国家国防科技工业局的服务窗口提交申请材料。申请二级保密资格应该向各省、自治区、直辖市的保密局或者国防科工局指定地点递交申请材料。
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